I still haven't found any reports on the cause of the fatal outbreak in Yajalón. But apparently it's nothing new. Via a Mexican website called Contralínea, dedicated to investigative journalism:
Pasan gobiernos y siguen las crisis sanitarias en Chiapas. También la corrupción y el despojo a indígenas. [Governments change and the Chiapas health crises continue. Also corruption and dispossession of the indigenous people] The concluding paragraphs, with my translation:
Ahora, después del contagio y muerte de los cinco bebés, el titular de la Secretaría de Salud del estado de Chiapas asegura que vacunarán a la población. Ahogado el niño, a tapar el pozo. En esta zona, como lo ha dicho hasta el cansancio el Ejército Zapatista de Liberación Nacional, los niños indígenas siguen muriendo por enfermedades fácilmente curables.
Now, after the infection and death of the five babies, the Chiapas State Secretary of Health promises to vaccinate the population. "After the child drowns, the well is covered." In this region, as the Zapatistas have said to the point of tiredness, indigenous children continue to die from easily curable diseases.
En la zona de Yajalón, por ejemplo, sus habitantes y los pueblos indígenas colindantes han denunciado la falta de médicos y vacunas. La opción es atender sus enfermedades con medicina tradicional, los recursos que la expropiación también les quiere quitar y dejarlos prácticamente sin nada. Como se observa, este problema de salud pública para los que menos tienen se agravó durante los últimos 12 años y todo hace creer que con Peña Nieto este grave problema de salud continuará.
In the Yajalón region, for example, the residents and the neighbouring indigenous people have protested the lack of doctors and vaccines. Their only option is to care for their illnesses with traditional medicine, resources that expropriation also deprives them of, leaving them with practically nothing. As we have seen, the problem of public health for those who have the least health has worsened in the past 12 years, and everything makes one believe that with Peña Nieto [the new national president], this grave health problem will continue.